L’Assemblea Generale di Confagricoltura è l’organo collegiale a larga partecipazione, costituito: dal Presidente confederale; dai componenti della Giunta Esecutiva; dai Presidenti delle Federazioni Nazionali di Categoria, dal Presidente dei Giovani di Confagricoltura - ANGA e dal Presidente dell’Associazione Nazionale Pensionati Agricoltori - ANPA; dai Presidenti delle Federazioni Nazionali di prodotto; dai past President di Confagricoltura, purché soci dell’Unione Provinciale /Interprovinciale agricoltori; dai Presidenti delle Unioni Provinciali/Interprovinciali/Regionali Agricoltori; dai Presidenti delle Federazioni Regionali Agricoltori; dal Presidente di Agriturist e dal Presidente di Confagricoltura Donna; dai Presidenti degli Enti affiliati.
L’Assemblea provvede alla determinazione delle direttive generali dell'attività di Confagricoltura. Tra le sue attribuzioni ci sono anche quelle dell'elezione del Presidente e dei nove componenti della Giunta Esecutiva. Provvede altresì all'approvazione del bilancio preventivo e del rendiconto consuntivo dell’Organizzazione.
I componenti dell’Assemblea non possono rivestire incarichi politici, sia nazionali, sia regionali, sia locali, né ricoprire cariche in Parlamento Europeo e Nazionale e in Regione.