Il Comitato Direttivo è costituito: dal Presidente confederale; dai componenti della Giunta Esecutiva; dal Presidente di ciascuna Federazione Nazionale di Categoria; dai Presidenti delle Federazioni/Unioni Regionali e dai Presidenti delle Unioni Provinciali di Trento e di Bolzano; dal Presidente dei Giovani di Confagricoltura - ANGA; dal Presidente dell’Associazione Nazionale Pensionati Agricoltori - ANPA; dal Presidente di Agriturist; dal Presidente di Confagricoltura Donna. In caso di delibere su materie economiche, partecipa pure, con diritto di voto, il Presidente della Federazione Nazionale di Prodotto, di diretta espressione e rappresentanza del settore economico interessato.
Il Comitato Direttivo delibera su tutte le questioni che interessano l’agricoltura nazionale, nel rispetto delle direttive e degli indirizzi deliberati dall’Assemblea. Studia e coordina problemi e proposte che interessano l’agricoltura, le Categorie e le Organizzazioni confederate, assicurando il necessario raccordo tra la Giunta e le Unioni Agricoltori, per una migliore organizzazione ed efficienza dell’attività sindacale. Cura l’espletamento di ogni altra attribuzione o incarico ad esso demandati dall’Assemblea.
Tra le sue attribuzioni c'è anche quella della nomina dei tre Vicepresidenti confederali e l’eventuale integrazione della Giunta Esecutiva con altri due componenti che, per esperienza acquisita in precedenti incarichi organizzativi o per specifica preparazione e chiara fama, sia opportuno investire di compiti di particolare importanza nell’ambito confederale.