Gli organi di Confagricoltura sono:
L'Assemblea Generale - Costituita dal Presidente, dai componenti della Giunta Esecutiva, dai presidenti delle Unioni e delle Federazioni e delle Federazioni Nazionali di Categoria, dell'ANGA, del Sindacato Nazionale Pensionati, delle Federazioni Nazionali di Prodotto
Il Comitato Direttivo - Costituito dal Presidente, dai componenti la Giunta Esecutiva, dai presidenti delle Federazioni Regionali e delle Federazioni Nazionali di Categoria, dell'ANGA, del Sindacato Nazionale Pensionati, e delle Unioni di Trento e Bolzano
La Giunta Esecutiva - Costituita dal Presidente, da nove membri eletti dall'Assemblea Generale, dall'eventuale presidente onorario e dal presidente uscente
Il Presidente eletto dall'assemblea ed i Vice-presidenti eletti dal Comitato Direttivo
Il Collegio dei Revisori dei conti
Il Collegio dei Probiviri
Direzione Generale